Covid, cosa sappiamo sulla variante Delta e sui test per individuarla
Gli esperti concordano sul fatto che, per cercare di arginarla, è necessario tracciare, sequenziare e vaccinare. Spesso, però, questa variante - che accumula mutazioni con facilità - sfugge al monitoraggio e ad alcuni test di screening. “Non sfugge ai test diagnostici, però deve essere tracciata”, dicono gli scienziati. Per questo si stanno mettendo a punto tecnologie più efficienti e meno costose per ottenere le sequenze genetiche del virus
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La variante Delta, comparsa per la prima volta in India nell'ottobre 2020 e più contagiosa dell’Alfa, continua a diffondersi in diversi Paesi e a fare paura. Gli esperti concordano sul fatto che, per cercare di arginarla, è necessario tracciare, sequenziare e vaccinare. Spesso, però, questa variante - che accumula mutazioni con facilità - sfugge al monitoraggio e ad alcuni test di screening. Per questo si stanno mettendo a punto tecnologie più efficienti e meno costose per ottenere le sequenze genetiche del virus
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"Abbiamo capito che qualcosa non andava perché ci siamo trovati di fronte a dei campioni negativi per le mutazioni ricercate. I kit in commercio non evidenziano l'indiana Delta", hanno spiegato dal laboratorio analisi dell'Azienda Sanitaria di Piacenza, dove negli ultimi giorni è stato individuato un focolaio di 25 casi di variante Delta
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A Piacenza, per risolvere questo problema, è stato deciso di sequenziare i campioni raccolti attraverso un protocollo messo a punto in collaborazione con il San Matteo di Pavia, il protocollo di sequenziamento del "gene spike". “La variante Delta non sfugge ai test diagnostici, però deve essere tracciata: un conto sono i tamponi rapidi per fare la diagnosi, ma poi ci sono i test di screening delle varianti”, hanno spiegato da Pavia
La situazione in Italia: grafiche
"Servono nuovi criteri di analisi dei tamponi con un'alta carica virale per riuscire a individuare la variante Delta", ha detto anche il virologo Francesco Broccolo, dell'Università di Milano Bicocca e direttore del laboratorio Cerba di Milano. L'appello del virologo è a “modificare quanto prima i criteri per lo screening e ad aggiornare i test per la ricerca delle varianti che destano preoccupazioni"
I Paesi con più casi di variante Delta
Al momento, ha spiegato, "non abbiamo un monitoraggio della circolazione di questa variante, contrariamente a quanto avviene in Gran Bretagna, dove è attivo un programma nazionale per il sequenziamento" e "la procedura attuale consiste nel fare il tampone con test non aggiornati sull'attuale quadro epidemiologico italiano, che prevede la presenza della variante Alfa nel 95% dei tamponi positivi"
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Lo stesso virologo ha aggiunto che in Italia sono in arrivo nuovi test in grado di riconoscere la variante Delta del virus SarsCoV2. Rispetto a quelli attualmente utilizzati per la diagnosi, non cercano le mutazioni nella proteina in cui queste si concentrano maggiormente, ossia la Spike utilizzata dal virus per invadere le cellule, ma cercano una mutazione chiamata N501Y, presente in tutte le principali varianti finora note tranne che nella Delta, in particolare la B.1.671.2, che è la più diffusa delle tre varianti identificate in India
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Il nuovo test, in particolare, permette di rilevare la mutazione N501Y, che è presente nella variante Alfa (B.1.1.7) identificata per la prima volta in Gran Bretagna, nella Beta (B.1.351) identificata in Sudafrica e nella Gamma (P.1) identificata in Brasile. Questo primo screening "è necessario", secondo il virologo, in quanto "l'assenza della mutazione N501Y in un tampone positivo farebbe immediatamente scattare il nuovo algoritmo diagnostico, che potrebbe prevedere l'immediata ricerca della variante Delta"
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Tutto questo, ha detto ancora il virologo Francesco Broccolo, sarebbe possibile grazie a un "test di cattura delle varianti che potrebbe rilevare mutazioni specifiche della variante Delta, come la L452R, ma anche delle varianti Beta e Gamma, come K417N e E484K, che sono note sfuggire, almeno parzialmente, ai vaccini dopo la prima dose e in alcuni casi dopo la seconda"
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I nuovi test per la diagnosi delle varianti, ha spiegato, si annunciano come uno strumento che può dare un contributo importante per ottenere una stima delle varianti del virus SarsCoV2 in circolazione. Soprattutto, ha sottolineato, “in un contesto in cui soltanto poco più di un quarto della popolazione è stata vaccinata con la doppia dose, è necessario fare un monitoraggio stretto della variante Delta e di altre varianti pericolose. I vaccini non sono l'unica soluzione"
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Sono diversi, comunque, i nuovi test in arrivo per riconoscere le varianti del virus SarsCov2, inclusa la Delta. Ne è stato messo a punto uno, ad esempio, low cost e più rapido. I risultati degli esperimenti di validazione della nuova metodica (COVseq) sono pubblicati su Nature Communications. A svilupparla i ricercatori del Karolinska Institutet di Stoccolma e l'Istituto di Candiolo FPO-IRCCS e Ospedale Amedeo di Savoia di Torino, grazie ai fondi del 5x1000 dell'IRCCS Candiolo
Il test sarà utile anche per la mappatura del genoma dei tumori. Il test scova le nuove varianti in tempo reale, dimezzando i tempi di mappatura genomica oggi necessari e con costi ridotti. Con COVseq "siamo in grado di sequenziare centinaia di campioni virali a settimana a un costo al di sotto di 15 euro a campione, notevolmente inferiore rispetto a quello delle metodiche attualmente disponibili”, ha spiegato Nicola Crosetto, primo autore della pubblicazione e coordinatore della ricerca
“COVseq consente l'analisi genetica in parallelo delle sequenze di più di un campione utilizzando volumi di reazioni molto piccoli, grazie a una particolare apparecchiatura già disponibile anche a Candiolo e una tecnica chiamata multiplex PCR per amplificare l'intero genoma virale. Successivamente ogni campione viene 'taggato', cioè contrassegnato con un codice a barre molecolare, un'etichetta che lo distingue da tutti gli altri rendendolo univoco. Ciò rende possibile analizzare in tempi rapidi, e con costi contenuti, tantissime sequenze genomiche", ha detto
La metodica COVseq è già funzionante a Candiolo, dove la si sta ulteriormente validando in parallelo a kit diagnostici approvati. Grazie a COVseq, ha detto Antonino Sottile, direttore generale dell'Istituto di Candiolo FPO-IRCCS e co-autore dello studio, "abbiamo ora a disposizione uno strumento efficace e a basso costo per continuare la sorveglianza genomica nei prossimi mesi, cruciali al fine di intercettare tempestivamente la comparsa di nuove varianti virali nella popolazione già vaccinata, soprattutto nei soggetti fragili come i malati oncologici"
Intanto, le previsioni del Centro europeo per il controllo delle malattie (Ecdc) indicano che in estate la Delta potrà veicolare il 90% dei contagi in Europa. È perciò destinata a diventare dominante, sostituendosi alla variante oggi più diffusa, l'Alfa. È già accaduto in Gran Bretagna, che ha registrato un nuovo picco di contagi (oltre 16mila). Per stimare le diffusione delle varianti, il ministero della Salute ha disposto una nuova indagine rapida coordinata dall'Istituto superiore di Sanità e in collaborazione con le Regioni
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