Covid-19, un software può predire le varianti e facilitare la scelta dei vaccini
Salute e BenessereIl suo nome è "ConvMut", abbreviazione di "Convergent Mutations". Il software è stato sviluppato da esperti dell'Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana, dell'Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani di Roma e del Politecnico di Milano
Si chiama "ConvMut", abbreviazione di "Convergent Mutations" ed è un software pensato per predire le varianti del Covid-19 ed aiutare nella scelta del vaccino da utilizzare per contrastare la malattia. L'avveniristico programma è stato sviluppato da Daniele Focosi, ematologo e virologo dell'Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana, in collaborazione con Fabrizio Maggi, direttore del Dipartimento di Epidemiologia, ricerca preclinica e diagnostica avanzata dell'Istituto Nazionale per le Malattie Infettive Lazzaro Spallanzani di Roma e di Anna Bernascon, ricercatrice di Ingegneria Informatica del Politecnico di Milano.
Predire le varianti di Sars-CoV-2
I ricercatori, come anticipato, hanno individuato infatti il meccanismo per predire le varianti di Sars-CoV-2 alle quali adattare i nuovi vaccini e gli anticorpi monoclonali. "ConvMut: Exploration of viral convergent mutations along phylogenies" è l'articolo scientifico pubblicato sulla rivista "Biorxiv" nel quale emerge come "ConvMut" sia basato sul fenomeno biologico dell'evoluzione convergente, in sostanza quel processo evolutivo in cui specie geneticamente differenti possono sviluppare caratteristiche simili dal momento che si adattano a condizioni ambientali simili. Adesso, anche grazie a questo meccanismo, sarà anche possibile facilitare la scelta di quali di queste usare nei vaccini e nei farmaci anti-Covid.
Le sequenze condivise a livello globale
"ConvMut", hanno sottolineato gli esperti, utilizzerà gli oltre 17 milioni di sequenze presenti in Gisaid EpiCoV. Si tratta dell'iniziativa globale per la condivisione di tutti i dati sull'influenza, precedentemente denominata "Iniziativa Globale per la Condivisione dei Dati sull'Influenza Aviaria", ovvero un progetto scientifico globale istituita nel 2008 per fornire accesso ai dati genomici dei virus influenzali. Il database è stato ampliato per includere il coronavirus responsabile della pandemia di Covid-19, così come altri agenti patogeni. Il database è stato descritto come "il più grande archivio mondiale di sequenze di Covid-19". Infatti migliaia di laboratori in tutto il mondo condividono da tempo le loro sequenze virali e i metadati associati tramite "Gisaid" per fornire informazioni in tempo reale sulle minacce virali circolanti. Secondo Focosi, "oggi la pandemia di Covid-19, grazie alle campagne vaccinali, rappresenta un problema sanitario ristretto fondamentalmente ai pazienti immunocompromessi. E, come fanno sempre i virus, anche Sars-CoV-2 sta continuando a mutare per adattarsi alla popolazione, richiedendo ogni anno l'aggiornamento dei vaccini che, finora, si basano sulla raccomandazione, da parte delle autorita' regolatorie, di attenersi al ceppo dominante". Ma, ha sottolineato ancora l'esperto, tra la scelta e la distribuzione del vaccino passano spesso diversi mesi e sovente succede che il vaccino aggiornato "non riesca a tenere il passo dell'evoluzione del virus Sars-CoV-2, di cui ad oggi sono stati definiti oltre 5000 sottotipi."
Come funziona il software
"Predire con mesi di anticipo quale tra questi sarà il ceppo 'vincente' permetterebbe invece di avere vaccini ancora più mirati e quindi più efficaci", ha riferito Maggi. E proprio a questo obiettivo punta "ConvMut". Ma come funziona il software? "Compila automaticamente grafici di evoluzione convergente, che venivano fin qui curati manualmente, raggruppando i lignaggi per set di mutazioni che li accomunano (quasi sempre acquisiti in passaggi incrementali) e fornendo quasi in tempo reale informazioni sul numero di sequenze depositate", ha spiegato Bernasconi. Tra l'altro, hanno spiegato ancora i ricercatori, "ConvMut" avrà un ruolo importante nell'adattare gli anticorpi monoclonali, una tra le poche terapie tollerabili dai fragili pazienti immunocompromessi, aiutando così le aziende che ne producono a comprendere ancora meglio il lavoro di ricerca e sviluppo, tentando di ridurre il tasso di errore.
)
)
)
)
)