Grazie al lavoro dei ricercatori del laboratorio di Farmacologia sperimentale e Biologia integrata dell'Aterosclerosi dell'Università Statale di Milano, è stato possibile mettere a punto “reString”, un software gratuito ed open source che, in pochi muniti e click, potrà permettere di svolgere complesse analisi sul genoma o sulle proteine
Nell’ambito della ricerca scientifica esistono una quantità particolarmente elevata di dati da analizzare, ad esempio per comprendere al meglio che tipo di impatto può avere una specifica dieta sull’organismo o l’invecchiamento sul rischio di malattie cardiovascolari. Si tratta di un’elaborazione spesso eseguita manualmente dagli esperti, per cui serve molto tempo e per cui gli errori sono dietro l’angolo. Ma per ovviare a queste difficoltà e analizzare i dati in pochi minuti e click ci penserà “reString”, un software gratuito ed open source realizzato dai ricercatori del laboratorio di Farmacologia sperimentale e Biologia integrata dell'Aterosclerosi dell'Università Statale di Milano. L’innovativo strumento, come si legge in un comunicato apparso sul sito dell’ateneo lombardo, permetterà “anche ai ricercatori senza esperienza nella bioinformatica di realizzare complesse analisi sul genoma o sulle proteine”.
Analisi complesse in pochi click
Il software tutto italiano, prodotto e sviluppato dal team di esperti diretto dalla professoressa Giulia Chiesa, docente del dipartimento di Scienze Farmacologiche e Biomolecolari, è stato descritto in un articolo scientifico pubblicato sulla rivista “Scientific Reports”. “Il nostro software è in grado di recuperare in modo automatico informazioni e dati utili da enormi banche dati online, in base ai risultati che si stanno ottenendo in laboratorio. È poi in grado di ‘riassumere’ questi dati in modo più immediato e comprensibile, mettendo insieme gli elementi comuni o più ricorrenti in tutte le condizioni sperimentali della ricerca, per quanto numerose possano essere”, ha commentato Stefano Manzini, primo firmatario dell’articolo che racconta i dettagli di “reString”. Si tratta, ha continuato l’esperto, di un lavoro che si potrà rilevare “fondamentale per capire, all’interno di centinaia di migliaia di dati, quali siano i più promettenti nello spiegare un dato fenomeno e quindi in quale modo indirizzare ricerche future. Normalmente è un’analisi che viene svolta manualmente nei laboratori che non hanno ricercatori dedicati esperti in bioinformatica, e porta via parecchi giorni preziosi: ora, grazie a reString, può farlo chiunque e in pochi click”, ha sottolineato.
Come viene attivata la risposta del sistema immunitario
Dunque, attraverso questo innovativo strumento, sarà possibile evitare di effettuare una complessa ricerca manuale, con il rischio di sbagliare, ed in pochi minuti di analizzare e di riassumere le informazioni, mostrando, ad esempio, “come viene attivata la risposta del sistema immunitario, come si comporta il metabolismo e con quali tempistiche, in base alle diverse condizioni sperimentali”, spiega la nota dell’Università di Milano. Il codice del software, come confermato in conclusione da Manzini, “è aperto e liberamente disponibile a tutti, e funziona sulla maggior parte dei sistemi operativi: i ricercatori con competenze bioinformatiche potranno quindi estenderlo a piacimento e adattarlo alle loro necessità”. Grazie a “reString”, in definitiva, “tutti i ricercatori potranno gestire delle complesse analisi in pochi click, aumentando la loro produttività e arrivando a dei risultati che avrebbero richiesto molto tempo: risultati che, nel peggiore dei casi, sarebbero potuti rimanere sepolti sotto una mole di dati”, ha riferito ancora il ricercatore.
